南京最好的大学排名如下：

南京大学

地址：江苏省南京市栖霞区仙林大道163号

排名：全国高校第5名

特点：985、211工程，双一流大学，以天文学、地质学、图书情报与档案管理等学科在教育部评估中获得A级别评分。

东南大学

地址：江苏省南京市江宁区东南大学路2号

排名：全国高校第17名

特点：985、211工程，双一流大学，以工科为主，多学科协调发展。

南京航空航天大学

地址：江苏省南京市江宁区

排名：全国高校第36名

特点：211工程，双一流大学，以航空航天领域为特色。

其他排名靠前的大学包括河海大学、南京农业大学、南京理工大学、南京师范大学、中国药科大学等。

以上排名信息基于最近的数据更新，请以教育部门公布的最新权威信息为准