哈尔滨医科大学设有多个系和学院，包括但不限于以下几个：

1. 基础医学院

2. 公共卫生学院

3. 卫生管理学院

4. 药学院

5. 生物信息科学与技术学院

6. 人文社会科学学院

7. 马克思主义学院

8. 体育学部

9. 第一至第五临床医学院

10. 口腔医学院

11. 护理学院

12. 麻醉学系

13. 重症医学系

14. 医学影像学系

15. 儿科医学系

16. 五官科学系

17. 病理学系

18. 研究生学院

19. 成人与继续教育学院

20. 国际教育学院

21. 大庆校区（包括精神卫生学院、护理学院、基础医学院、医学检验与技术学院、药学院等）

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