南京医科大学通常被认为是一本院校。以下是相关信息的整理：

南京医科大学是国家“双一流”建设高校，并且是首批教育部、国家卫生健康委与江苏省人民政府共建的医学院校。

该校在多个省份的招生批次中属于本科第一批次，因此，按照民间的说法，它通常被认为是一本大学。

尽管教育部门并没有明确划分南京医科大学是一本还是二本，但根据其在普通类招生批次中的位置，可以将其视为一本院校。