南京的冷门专业排名如下：

南京理工大学

第十名：医学院-100210外科学

第九名：马克思主义学院-030505思想政治教育

第八名：物理学院-070206声学

第七名：商学院-125300会计

第六名：物理学院-071011生物物理学

第五名：电子科学与工程学院-070208无线电物理

第四名：哲学系-010108科学技术哲学

第三名：医学院-100207影像医学与核医学

南京林业大学

木材科学与工程（中外合作办学）

林学（中外合作办学）

能源动力类（能源与动力工程、新能源科学与工程）

化学工程与工艺

生物工程类（生物工程、生物制药）

请注意，这些排名可能会随着时间和各种因素（如就业率、学科发展等）的变化而有所调整。如果您需要最新的排名信息，建议查询相关官方渠道或教育评估机构的最新数据