昌吉学院的专业排名如下：

1. 小学教育（师范）

2. 能源与动力工程

3. 数学与应用数学（师范）

4. 材料物理

5. 金融数学

6. 计算机科学与技术

7. 工商管理

8. 财务管理

9. 应用化学

10. 思想政治教育

以上排名根据不同的评价标准（如推荐人数、推荐指数等）可能会有所变化。这些专业被校友会评为中国顶尖应用型专业、中国一流应用型专业以及中国高水平应用型专业。