制药工程专业的女生对口专业主要包括：

制药工程：

这是原化学制药专业和药物化学专业的基础上发展而来的，涉及化学制药、生物制药、中药制药等领域。

药学：

药学专业的女生可以考虑继续深造的方向有药剂学、药物分析、药物化学、药理学、天然药化、生药学、药事管理等。

中药学：

专注于中医药领域的研究和应用。

相关学科：

生物技术、医学检验技术、医学影像技术、口腔医学技术等也是制药工程专业女生的潜在考研或就业方向。

其他专业：

如果英语能力较强，研究生毕业后也可以考虑从事学术方面的职位，或者出国深造，如细胞生物学等专业。

选择对口专业时，女生应根据自己的兴趣、职业规划和就业前景进行综合考虑。