日本有许多著名的大学，以下是一些重要的大学列表，按照不同的排名和分类组织：

国际超一流大学

东京大学

京都大学

东北大学

大阪大学

国际一流大学

九州大学

一桥大学

名古屋大学

北海道大学

庆应义塾大学

横浜市立大学

东京工业大学

早稻田大学

筑波大学

神户大学

国内一流大学

千叶大学

广岛大学

御茶水女子大学

上智大学

横滨国立大学

东京理科大学

首都大学东京

东京医科齿科大学

国际基督教大学

东京外国语大学

其他著名大学

明治大学

青山学院大学

立教大学

中央大学

法政大学

学习院大学

日本大学

驹泽大学

东洋大学

私立大学

庆应义塾大学

早稻田大学

上智大学

国际基督教大学

东京理科大学

明治大学

青山学院大学

立教大学

中央大学

法政大学

学习院大学

日本大学

驹泽大学

东洋大学

帝国大学（旧帝大）

东京大学

京都大学

东北大学

九州大学

北海道大学

大阪大学

名古屋大学

理工科大学

东京理科大学

东京农工大学

其他特色大学

大阪大学（理系、文系领先）

名古屋大学（历史悠久，多学科发展）

筑波大学（以高新科技研究为主）

以上列表展示了日本高等教育机构的一部分，每所大学都有其独特的研究领域和学术特色。