重庆的教育部直属高校有两所，分别是：

重庆大学：

简称“重大”，是教育部、重庆市和国家国防科技工业局共建的全国重点大学，属于“双一流”、“211工程”和“985工程”重点建设高校。

西南大学：

由西南师范大学和西南农业大学合并组建，是教育部直属的211工程大学。

这两所大学在各自的领域有着深厚的学术底蕴和特色鲜明的教学特色，为地方乃至全国经济社会发展做出了重要贡献。