S999和M999都是New Balance鞋款系列中的代表性款式，它们的区别主要体现在以下几个方面：

1. 设计风格：S999和M999的设计风格有所不同。S999的设计更为简约，注重舒适性和实用性；而M999的设计则更具时尚感，注重外观和运动性能。

2. 适用性别：S999主要面向男性市场，而M999则主要面向女性市场。

3. 鞋型：S999和M999的鞋型也有所不同。S999的鞋型相对来说更为宽松，适合较宽的脚型；而M999的鞋型则更为修身，适合女性较细的脚型。

4. 鞋底材质：S999和M999的鞋底材质也有所不同。S999的鞋底采用的是橡胶材质，具有较好的耐磨性和抓地力；而M999的鞋底则采用了EVA泡沫材质，更轻便舒适。

总的来说，S999和M999主要的区别在于适用性别、设计风格、鞋型和鞋底材质等方面。消费者可以根据自己的需求和喜好选择适合自己的鞋款。