飞行器制造工程专业的知名院校包括：

西北工业大学- 国家一流建设专业，国家特色专业，985工程，211工程。

哈尔滨工业大学- 国家级一流本科专业建设点，国家特色专业，985工程。

北京航空航天大学- 国内顶尖航空航天院校，国家“双一流”和“985工程”重点建设高校。

南京航空航天大学- 在直升机设计、通用飞机设计等方面具有优势。

沈阳航空航天大学- 国家一流本科专业，国家特色专业。

天津工业大学- 拥有飞行器制造工程的专业。

中国民航大学- 在航空领域有深厚的教育和研究历史。

南昌航空大学- 开设飞行器制造技术专业。

中北大学- 拥有飞行器制造工程的专业。

吉林化工学院- 开设飞行器制造工程相关专业。

以上排名不分先后，具体选择学校时，建议参考最新的排名信息以及学校自身的特色和优势。