福州大学和哈尔滨工程大学都是具有良好声誉的高等学府，两所大学在教育质量、学科设置、师资力量等方面都有各自的优势。选择哪所大学取决于你对未来职业规划、地理位置偏好、学习方式等因素的考虑。

1. 录取分数线：福州大学的综合最低录取分数线为580分，而哈尔滨工程大学的综合最低录取分数线为576分。从录取分数线来看，福州大学稍高于哈尔滨工程大学。

2. 院校类型：福州大学和哈尔滨工程大学都是理工类大学，但它们在学科设置、专业方向上可能有所不同。你可以对比两所大学的学科设置，看哪所大学的学科更符合你的兴趣和未来职业规划。

3. 师资力量：福州大学和哈尔滨工程大学都有雄厚的师资力量，但具体哪个学校师资力量更强可能取决于你想学习的专业。可以查看两所大学相关专业的教师队伍，了解教师的教育背景、学术成果等，以判断哪个学校的师资更符合你的需求。

4. 地理位置：福州大学位于福建省福州市，而哈尔滨工程大学位于黑龙江省哈尔滨市。你可以考虑你更喜欢哪个城市的氛围、气候等。

5. 学习方式：福州大学和哈尔滨工程大学可能采用不同的学习方式。你可以了解两所大学的课程设置、教学方法等，以确定哪个学校的学习方式更适合你。

综上所述，选择福州大学还是哈尔滨工程大学取决于你的个人需求和偏好。你可以综合考虑录取分数线、院校类型、师资力量、地理位置和学习方式等因素，做出最适合自己的选择。