马池口镇拥有以下高等教育机构：

北京化工大学北校区- 位于昌平区，是一所重点大学的分校区。

中国政法大学（北校区）- 同样位于昌平区，是另一所重点大学的分校区。

中国石油大学（北京校区）- 位于昌平区，是一所重点大学的分校区。

北京大学部分院系- 2021年北京大学新燕园校区落户昌平马池口，包括计算机学院、电子学院、智能学院、集成电路学院、材料科学与工程学院等。

北京城市学院- 是一所民办综合性大学，提供本科及研究生教育。

昌平区老干部大学马池口分校- 提供成人教育和继续教育。

北京吉利大学- 是一所民办高校，位于昌平区马池口镇。

北京市工商管理学院- 位于昌平区南口镇，是一所专注于工商管理的学院。

中国管理软件学院- 位于昌平区，是一所教育机构。

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