吉首共有两所大学，分别是：

吉首大学：

成立于1958年4月，是一所省属综合性大学，也是武陵山片区唯一的综合性大学。吉首大学拥有本科专业55个，硕士点35个，省级重点学科8个，省部级重点研究基地15个，国家级实验教学示范中心3个，省级重点实验室5个。

湘西民族职业技术学院：

成立于2004年5月，是一所专科院校，提供30多个专业。