医学研究生选择科室时，主要考虑以下几个因素：

导师研究方向：考研选导师时，导师的研究方向决定了科室的方向1。

规培科室：规培所在科室基本就是工作科室1。

个人兴趣：在大四见习时，认真跟着各个科室的老师熟悉本科室，以此来确定自身的兴趣科室1。

专业性和薪资：各个科室在专业性、薪资、手术时长、工作强度等方面各有特点，选择时需结合自身兴趣、特质慎重进行1。

经济效益：一般来说，有耗材或者内镜的科室，经济效益一般都不错，例如骨科、心内科、消化内科、眼科等2。

工作强度：例如心内科介入组的收益很高，但工作强度大，夜班多到发麻，总要做急诊介入手术2。

个人特质：例如性格散漫的人可能不适合报考工作量大的内科。

总的来说，选择科室是一个需要慎重考虑的过程，需要结合自己的兴趣、特质、经济收益、工作强度等多方面因素进行选择。