安徽工程大学设有以下分院（学院、部）：

1. 机械与汽车工程学院

2. 电气工程学院

3. 纺织服装学院

4. 生物与化学工程学院

5. 管理工程学院

6. 计算机与信息学院

7. 艺术学院

8. 数理学院

9. 人文学院

10. 外国语学院

11. 体育学院

12. 建筑工程学院

13. 思想政治理论课教学部

14. 继续教育学院

安徽工程大学是一所多学科性高等院校，学科涵盖工、理、文、管、经、法、艺等门类，开办有60个本科专业，并具有16个一级学科硕士学位授权点和10个硕士专业学位授权类别