南京的近代高校包括：

南京大学

始创于1902年，前身为三江师范学堂，后历经多个阶段，于1950年更名为南京大学。

南京航空航天大学

前身为1952年创建的南京航空工业专科学校，是中国创办的第一批航空高等院校之一。

南京理工大学

源自1953年创建的中国人民解放军军事工程学院（哈军工），后经历多次更名，于1993年更名为南京理工大学。

东南大学

起源于1902年创建的三江师范学堂，后经过多次更名，于1988年复更名为东南大学。

国立同济大学

1927年，由南京国民政府教育部接管，并命名为国立同济大学。

国立中央大学

1927年成立，由多所学校合并而成，1949年改名为国立南京大学。

国立暨南大学

前身为1906年清政府在南京创立的暨南学堂，后迁至上海，1927年改名为国立暨南大学。

南京师范大学

位于江苏省南京市，是国家“211工程”重点建设的江苏省属重点大学。

江南陆师学堂

始创于1895年，是江苏地区最早的近代陆军学校。

国立音乐院

1940年在重庆组建，抗战胜利后随国民政府回到南京，后发展成为中央音乐学院。

这些高校在历史上有着辉煌的时期，并且对南京乃至中国的教育界产生了深远的影响