行政级别不同

1、昆山市是县级市。

2、苏州市是地级市。

地理位置不同

1、昆山市，地处江苏省东南部，位于上海与苏州之间，北至东北与常熟、太仓相连，东与上海市嘉定、青浦交界，西与苏州市相城区、吴中区、苏州工业园区接壤，南部水乡古镇周庄镇与吴江区毗邻，通达浙江，下辖10个镇、3个国家级园区。

2、苏州市，苏州位于江苏省东南部，长江三角洲中部，东临上海，南接嘉兴，西抱太湖，北依长江。