东京湾区拥有众多高等教育机构，其中包括一些世界知名的高等学府。以下是一些位于东京湾区的著名大学：

东京大学- 日本最高学术殿堂，七所旧帝国大学之首，具有全球极高的声誉。

庆应义塾大学- 日本历史悠久的私立综合性大学，以商科和医学等领域著称。

武藏工业大学- 以工程学科为主，是日本著名的工科大学之一。

横滨国立大学- 位于横滨市，是一所重视国际交流和研究的综合性国立大学。

早稻田大学- 日本历史悠久的私立大学，以文科和社会科学等领域闻名。

一桥大学- 以商科和经济学等领域为主，是日本顶尖的私立研究型大学。

这些大学为东京湾区乃至整个日本的教育和科研创新做出了重大贡献。