日本最好的大学通常根据不同的排名标准和时间有所变化，但以下是一些在日本及国际上享有盛誉的顶尖大学：

东京大学

日本最古老的国立大学，综合型大学，以法学、医药、科学、农业、经济学、艺术等院系著称。

培养了多位日本首相、诺贝尔奖得主等杰出人物。

京都大学

日本顶尖的综合性研究型大学，以独立思考和判断能力为教育宗旨。

拥有多位诺贝尔奖得主，并在化学等领域有卓越的学术表现。

大阪大学

以医学、药学和生物学研究闻名，是日本领先的生命科学研究机构之一。

东京工业大学

专注于工程技术与自然科学，是日本及世界一流的理工科大学。

培养了多位诺贝尔奖得主，并在实用科学与工程教育方面领先。

东北大学

以医学、工学、理学等领域著称，位于仙台，是日本顶尖的研究型大学之一。

名古屋大学

历史悠久的七所帝国大学之一，在材料科学和工程领域有显著成就。

北海道大学

日本第一所获得学士学位的高等教育机构，以农业、理科等领域见长。

九州大学

以国际研究网络和雇主声誉为衡量标准，培养了包括宇航员Koichi Wakata在内的多位杰出校友。

早稻田大学

日本著名的私立大学，以国际化和多元化著称，培养了多位日本首相。

庆应义塾大学

位于东京，是日本仅有的世界经济论坛全球大学领袖论坛的成员之一。

这些排名可能会随着时间和不同的评价机构而有所变化，但上述大学通常被认为是日本最好的大学。