根据提供的信息，2024年CNS（Cell, Nature, Science）论文发表情况排名中，清华大学位居榜首，中国科学院大学排名第二位。具体信息如下：

清华大学：2024年上半年发表CNS论文27篇，位列第一。

中国科学院大学：发表CNS论文25篇，位列第二。

北京大学：发表CNS论文24篇，位列第三。

以上排名基于2024年上半年的数据，反映了这些大学在科研领域的表现和学术影响力