根据最新的排名信息，北京和南京的大学排名如下：

北京的大学排名

1. 清华大学

2. 北京大学

南京的大学排名

1. 南京大学

2. 东南大学

3. 南京航空航天大学

4. 南京理工大学

5. 河海大学

6. 南京农业大学

7. 南京师范大学

8. 中国药科大学

9. 南京邮电大学

10. 南京信息工程大学

请注意，排名可能会随着不同评价机构和评价标准有所变化，请以教育部门或权威机构发布的最新排名信息为准