南京鼓楼区拥有众多高等教育机构，其中包括一些历史悠久和享有盛誉的985和211工程高校。以下是部分位于南京鼓楼区的大学列表：

南京大学- 简称“南大”，是教育部直属的全国重点大学，属于“世界一流大学建设高校A类”、“211工程”和“985工程”。

南京师范大学- 简称“南京师大”，是江苏省人民政府和教育部共建的首批国家“211工程”重点建设高校，也是“双一流”世界一流学科建设高校。

河海大学- 简称“河海”，是一所特色为水利，工科为主，多学科协调发展的全国重点大学。

南京医科大学- 在鼓楼区设有校区，是医学教育和科研的重要机构。

中国药科大学- 位于鼓楼区，是中国药学和生命科学领域的重要高等教育机构。

南京中医药大学- 位于鼓楼区，是中国传统医学高等教育的重要基地。

南京艺术学院- 简称“南艺”，是中国独立建制创办最早并延续至现今的高等艺术学府。

南京工业大学- 位于鼓楼区，是一所多学科协调发展的综合性大学。

南京财经大学- 位于鼓楼区，是一所财经类高等教育机构。

南京审计学院- 位于鼓楼区，专注于审计领域的高等教育。

江苏城市职业学院- 位于鼓楼区，是一所提供高等职业教育的学院。

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