济宁市的本科院校包括：

济宁医学院：

山东省属普通本科高等医科院校，涵盖医、理、工、管、文五个学科。

曲阜师范大学：

山东省人民政府确立为重点建设的高校，全国首批招收研究生高校，教育部本科教学工作水平评估优秀学校。

济宁学院：

原济宁师范专科学校，是一所省属全日制普通本科高等学校，设有多个本科专业和专科专业。

以上信息根据最近更新的数据整理得出，具体详情可以访问各院校的官方网站或相关教育部门网站查询