南京的医学院校中，根据最新的排名信息，以下是排名前三的院校：

中国药科大学

简称“药大”，位于江苏省南京市，是一所重点建设的药学高等教育机构。

是教育部直属高校，国家“双一流”建设高校，以及“211工程”和“985工程优势学科创新平台”建设高校。

南京中医药大学

简称“南中医”，位于江苏省南京市，是一所中医药高等教育机构。

是国家“双一流”建设高校，江苏高水平大学建设高校（A类），以及教育部、江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校。

南京医科大学

简称“南医大”，位于江苏省南京市，是一所重点建设的医学高等教育机构。

是国家“双一流”建设高校，江苏高水平大学建设高峰计划A类建设高校，以及教育部高水平公共卫生学院建设高校。

以上排名信息以权威部门公布的信息为准。