根据提供的信息，2025年南开大学的保研率排名如下：

生命科学学院：

保研率最高，达到52.7%。

马克思主义学院：

保研率高于35%，位列前茅。

材料科学与工程学院：

保研率同样高于35%，表现优异。

外国语学院：

保研率超过35%，排名靠前。

物理科学学院 、 数学科学学院、 化学学院：

这些基础学科学院的保研率也都超过了31%，属于保研率较高的学院。

经济学院和 商学院：

虽然推免名额超过100人，但由于学生基数大，保研率并未进入前五。

药学院、 软件学院和 汉语言文化学院：

保研率相对较低，均只有23%。

以上信息根据最近更新的数据（发布时间分别为2024-05-21和2024-09-24）整理得出。