大学调解部门矛盾的方法可以概括为以下几点：

了解矛盾原因

与涉及矛盾的各部门进行深入沟通，明确矛盾根源。

组织会议讨论

召集部门核心领导开高层会议，研究问题及解决办法。

组织部门领导讨论会，讲解处理方法和理由，争取多数人支持。

公开沟通和协调

召集扩大会议，宣布解决办法，通过举手表决执行。

提倡开放式沟通，让各部门了解对方需求和期望。

促进合作与理解

鼓励不同部门之间的沟通和合作。

采取无偏袒的调解方式，尊重对方观点，尝试理解对方立场。

建立奖励机制

设立团队奖金或员工表彰，鼓励合作和协作。

制定实施计划

制定详细的任务分配、时间表和具体要求。

跟进与协调

在实施过程中密切关注进展，及时沟通和协调。

总结与反思

完成协调后，回顾整个过程，分析成功和失败原因，总结经验教训。

处理极端情况

杜绝学生中的极端分子和不负责任的行为。

纪律与处罚

设立严格的纪律规定和处罚措施，确保规定执行。

以上步骤可以帮助大学调解部门间的矛盾，促进组织内部的和谐与合作。