当前全国能源与环境系统工程专业排名如下：

1. 浙江大学

2. 山东大学

3. 东华大学

4. 大连理工大学

5. 清华大学

6. 哈尔滨工业大学

7. 同济大学

8. 华南农业大学

9. 北京师范大学

10. 南京大学

这些大学在能源与环境系统工程专业领域拥有优秀的师资力量、丰富的教学资源和科研实力，为国家培养了大批优秀人才。