福建农林大学在福州有三个校区，分别是：

金山校区：

位于福建省福州市仓山区上下店路15号（350002），是校本部。

旗山校区：

位于福建省福州市闽侯县溪源宫路63号（35002），是福州地区大学城的核心新校区。

安溪校区：

位于福建省泉州市安溪县东二环路东50米。

此外，福建农林大学在南平市也有一个校区，即 南平校区，位于福建省南平市西郊。