哈尔滨工程大学的单列专业主要有：航海技术、飞行器设计与工程、飞行技术、轮机工程、思想政治教育、哲学、经济学、英语、俄语、日语、德语、法语。

视觉传达设计、环境设计、生物工程、计算机科学与技术、软件工程、化学工程与工艺、材料科学与工程、核工程与核技术、过程装备与控制工程、信息管理与信息系统、工商管理、会计学。

公共事业管理、工程管理、信息与计算科学、应用化学、材料成型及控制工程、机械电子工程、自动化、通信工程、计算机软件、电子工程、船舶与海洋工程。

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