2. 清华大学

3. 复旦大学

4. 上海交通大学

5. 南京大学

根据最新的排名信息，系统科学与工程专业排名（研究型）前三甲为：

1. 北京师范大学（3,A++）

2. 上海理工大学（2,A+）

3. 北京交通大学（2,A+）

请注意，排名信息可能会随着时间和不同机构的评估而有所变化。如果您需要最新的排名信息，建议访问相关教育机构的官方网站或查阅最新的教育评估报告