昌吉对口支援的大学包括：

1. 清华大学

2. 西安交通大学

3. 武汉大学

4. 中南大学

5. 中国人民大学

6. 山东大学

7. 陕西师范大学

8. 吉林大学

9. 厦门大学

10. 北京林业大学

11. 兰州大学

12. 中国石油大学（华东）

这些大学与昌吉地区的昌吉学院、新疆农业职业技术大学、昌吉职业技术学院等建立了长期的对口支援关系，并在学科建设、人才培养等方面提供支持