台湾长荣大学设有以下科系：

管理学院

经营管理研究所

企业管理学系暨硕士班

国际企业学系暨硕士班

会计资讯学系

高阶管理硕士在职专班（EMBA）

航运管理学系暨硕士班

土地管理与开发学系暨硕士班

财务金融学系

运动休闲管理学系暨硕士班

科技管理学士学位学程

休闲产业管理学士学位学程

不动产专案管理学程

健康科学学院

医学研究所

医务管理学系暨硕士班

护理学系暨硕士班

保健营养学系

职业安全与卫生学系暨硕士班

生物科技学系暨硕士班

呼吸照护技术学系

健康心理学系

人文社会学院

台湾研究所

翻译学系暨硕士班

大众传播学系

社会工作学系暨硕士班

媒体设计科技学系

应用日语学系暨硕士班

美术学系暨硕士班

哲学与宗教学系

书画艺术学位学程

师资培育中心

资讯暨工程学院

资讯管理学系暨硕士班

科技工程与管理学系

资讯工程学系

数位内容创作学士学位学程

神学院

神学系

博雅教育学部

通识教育中心

语文教育中心

以上信息根据最新的参考资料整理得出，具体科系可能会有变动，建议访问长荣大学官网获取最新信息