安徽农业大学的植物保护专业最好。原因：首先，植物保护是安徽农业大学的特色专业之一，学校的教学设施和教学内容都非常出色。

其次，在该专业中，学生可以学习到最新的植物保护技术和理论知识，这对于从事相关研究或从业人员来说是非常有利的。

最后，安徽农业大学的植物保护专业也得到了社会各界的好评。

此外，安徽农业大学的农学、林学和食品科学与工程等专业也备受关注，在国内外享有很高的声誉。

因此，有志于从事相关行业的同学可以在选择专业时多考虑这些方面的因素，根据个人兴趣爱好和发展规划做出选择。