南通目前有三所本科大学，它们分别是：

南通大学：

这是一所公办大学，由江苏省人民政府和交通运输部共建，是一所综合性大学。

南通理工学院：

这是一所民办本科高校，拥有南通和海安两个校区。

南通大学杏林学院：

这所学院是经国家教育部批准的本科层次独立学院，以启东校区为主体办学校园。

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