上海合并后形成的新大学包括：

上海交通大学（新）：

由上海交通大学和上海第二医科大学合并而成。

复旦大学：

由复旦大学和上海医科大学合并组建。

上海大学：

由原上海工业大学、原上海科技大学、上海大学（原复旦大学分校等）和上海科技专科学校合并组建。

上海工商外国语职业学院和上海思博职业技术学院：

两所民办专科院校合并，计划申办本科职业大学。

这些合并增强了学校的综合实力，提升了教学质量和科研水平，有助于在多个领域发挥更大的影响力