南开大学拥有多个院系，以下是部分主要院系列表：

文学院

历史学院

哲学院

外国语学院

法学院

政府管理学院

马克思主义学院

汉语言文化学院

经济学院

商学院

旅游与服务学院

金融学院

数学科学学院

物理科学学院

化学学院

生命科学学院

材料科学与工程学院

医学院

计算机学院

环境科学与工程学院

软件学院

药学院

旅游与服务学院

泰达学院

泰达生物技术研究院

泰达应用物理研究院

经济与社会发展研究院

国家经济战略研究院

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