昌吉学院的工科专业排名如下：

能源与动力工程- 中国一流应用型专业

材料物理- 中国高水平应用型专业

计算机科学与技术- 二批

自动化- 二批

数学与应用数学- 中国一流应用型专业

以上排名基于最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。