南京工程学院的院系设置如下：

1. 机械工程学院

2. 材料科学与工程学院

3. 能源与动力工程学院

4. 电力工程学院

5. 自动化学院

6. 信息与通信工程学院

7. 计算机工程学院

8. 经济与管理学院

9. 建筑工程学院

10. 艺术与设计学院

11. 汽车与轨道交通学院

12. 环境工程学院

13. 人文与社会科学学院

14. 外国语学院

15. 马克思主义学院

请注意，以上信息以南京工程学院最新公布的信息为准，如有变动，请及时关注学校官网更新