南京中医药大学在中医药领域拥有多个王牌专业，以下是一些被广泛认为较好的专业：

中医学：

该专业注重中医理论教学与实践操作，培养学生临床技能。

中药学：

专注于中药的种植、炮制、鉴定、分析等环节，旨在培养具备中药研发和应用能力的人才。

针灸推拿学：

专注于针灸推拿技术的研究与教学，毕业生可在中医医疗机构、康复中心等地工作。

中西医临床医学：

结合中医和西医知识，培养具有临床能力的医学人才。

护理学：

学习护理知识和技能，毕业生在医疗行业有广泛的就业前景。

药学：

拿专利最多的专业大类，中药学分四年制（本科）与九年制（本博连读）。

康复治疗学：

培养具备康复治疗理论和实践能力的专业人才。

计算机科学与技术：

结合中医药学与计算机科学，培养具有跨学科能力的人才。

中药资源与开发：

注重中药资源的开发和利用。

公共事业管理：

培养能够在公共事业单位工作的管理人才。

这些专业在各自的领域内都有较高的学术声誉和就业前景。