东北农业大学设有多个学院，以下是部分学院的系别设置：

农学院：农学系、植物保护系、生物技术系、种子科学与工程系、植物科学与技术系、智慧农业系。

园艺园林学院：园艺系、园林系、风景园林系、设施农业科学与工程系。

资源与环境学院：环境科学系、环境工程系、应用微生物系、农业资源与环境系、生态科学系、气象科学系。

工程学院：农业机械化工程系、机械设计及制造工程系、车辆工程系、工业工程系、新能源科学与工程系、工程技术基础部、工程实训中心。

水利与土木工程学院：农业水利工程系、水利水电工程系、土木工程系、工程管理系、水文与水资源工程系。

动物科学技术学院：动物遗传育种与繁殖系、动物营养与饲料科学系、动物生产系、草业科学系、水产养殖系。

动物医学学院：基础兽医系、预防兽医系、临床兽医系、动物药学系。

生命科学学院：植物生物技术系、动物生物技术系、微生物与生物化工系、生物化学与分子生物学系。

食品学院：食品科学与工程系、食品质量与安全系、粮食工程系、乳品工程系。

经济管理学院：农林经济管理系、国际经济与贸易系、工商管理系、会计系、金融系、市场营销系、保险系、人力资源管理系。