根据提供的信息，2024年中国大学武器系统与工程专业排名中，南京理工大学排名第一，北京理工大学排名第二。以下是具体的排名情况：

南京理工大学：

在2024年校友会中国大学排名中，南京理工大学位列武器系统与工程专业（研究型）榜首，具有最强的办学实力和核心竞争力。

北京理工大学：

北京理工大学在同类专业排名中位居第二。

西北工业大学 和 空军工程大学：

这两所大学在武器系统与工程专业排名中也取得了较好的位置，紧随北京理工大学之后。

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