南京的3+4本科学校包括：

1. 南京航空航天大学

2. 江南大学

3. 东南大学

4. 南京大学

5. 南京理工大学

6. 南京农业大学

7. 南京师范大学

8. 河海大学

9. 中国药科大学

10. 苏州大学

11. 南京工程学院

12. 南京晓庄学院

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