昌吉学院的热门专业排名如下：

1. 软件工程

2. 数学与应用数学（师范）

3. 小学教育（师范）

4. 数据科学与大数据技术

5. 物理学

6. 应用化学

7. 思想政治教育

8. 工商管理

9. 学前教育

10. 汉语言文学

以上排名根据不同的评价标准可能会有所变化，但以上信息可以作为参考。昌吉学院的特色专业还包括物理系物理学、自动化专业、数学系金融数学专业、中文系汉语言文学和网络与新媒体专业等。