淮阴工学院的王牌专业包括：

1. 机械设计制造及其自动化

2. 计算机科学与技术

3. 化学工程与工艺

4. 土木工程

5. 车辆工程

6. 电子信息工程

7. 食品科学与工程

8. 通信工程

9. 软件工程

10. 工商管理

这些专业在各自的领域具有较高的声誉和影响力，是淮阴工学院的重点学科和特色专业。