南京理工大学电子工程与光电技术学院（电光院）的研究生专业中，通信与信息系统和光学工程是招生人数最多的两个专业。选择哪个专业更好，需要根据你的兴趣和职业规划来决定。以下是一些考虑因素：

专业兴趣

如果你对通信技术感兴趣，可以选择通信与信息系统专业。

如果你对光学工程感兴趣，可以选择光学工程专业。

就业前景

通信与信息系统专业的毕业生在通信行业有广泛的就业机会。

光学工程作为国家一级重点学科，通常意味着该领域有更深厚的底蕴和更广泛的就业渠道。

导师和教研室

选择研究生时，导师的研究方向和教研室的资源也很重要。通常，进入教研室后，你可以根据自己的兴趣选择研究方向。

分数线和录取难度

根据提供的信息，南理工电光院光学工程专硕的考研难度相对较小，近几年的分数线和录取情况也较为乐观。

个人发展

考虑自己的长期职业目标，选择能够帮助你达成这些目标的专业。

最后，建议在做决定前，进一步了解各个专业的课程设置、研究方向、导师信息等，以便做出最适合自己的选择。