南京农业大学设有以下学院（部）：

1. 农学院

2. 工学院

3. 植物保护学院

4. 资源与环境科学学院

5. 园艺学院

6. 动物科技学院（含无锡渔业学院）

7. 动物医学院

8. 食品科技学院

9. 经济管理学院

10. 公共管理学院

11. 人文与社会发展学院

12. 生命科学学院

13. 理学院

14. 信息科技学院

15. 外国语学院

16. 金融学院

17. 草业学院

18. 马克思主义学院

19. 体育部

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