南通大学在职研究生申请学位证书的难易程度取决于选择的报考方式。以下是两种主要方式的对比：

同等学力申硕

入学无需考试，学员先进行课程学习，通过申请即可获得入学资格。

课程结束后，学员需要参加并通过全国申硕统考，考试科目通常包括外国语和学科综合测试。

每门科目总成绩100分，60分为及格线。

成绩保留4年有效期，学员需在期限内依次通过考核。

申硕成功后，学员可以获得硕士学位证书。

非全日制研究生（一月联考）

报考人员需要参加全国硕士联考，考试内容、难度与全日制研究生相同。

-联考成绩需达到国家线和院校线，之后参加院校复试。

复试通过后才可被录取，录取名额有限，竞争激烈。

录取后，学员可以获得学历证书和学位证书。

结论：同等学力申硕相对容易，因为它允许免试入学，并且申硕统考科目少，难度小。然而，非全日制研究生（一月联考）的报考难度较大，因为它需要与全日制研究生一同竞争录取名额。