南京市大学排名前三的学校如下：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

以下是排名前十的学校列表，这些学校通常被认为是南京市最好的本科高校：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学

河海大学

南京农业大学

南京师范大学

中国药科大学

南京邮电大学

南京信息工程大学

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