流水线改造通常应计入“在建工程”科目进行核算。具体的会计分录如下：

1. 将流水线改造前的账面价值转入在建工程：

借：在建工程

累计折旧

贷：固定资产

2. 发生改造支出时：

借：在建工程

贷：银行存款等

3. 改造完成后，将在建工程转回固定资产：

借：固定资产

贷：在建工程

4. 如果改造费用较高，也可以考虑先计入“长期待摊费用”，在不低于3年的时间内分期摊销。

请根据具体情况选择合适的会计处理方法。