河海大学校车目前存在一些缺点，主要包括：

机动性和灵活性差

校车调度方案不够灵活，无法有效应对教职工和学生之间在不同校区之间频繁往来的需求。

座位不足

即使在教职工都上车后，校车仍有剩余座位时，才允许学生买票上车，这导致许多学生无法乘坐校车。

安排不合理

班车安排在某些时间段可能人很少，但是却安排了多辆班车，造成资源浪费。

安全隐患

校车可能存在安全隐患，如使用二手车或车况较差的车辆，超员现象严重，驾驶员安全意识薄弱，以及学生家长和学校老师交通法规意识淡薄。

经济因素

由于学校财力有限，校车服务主要根据教职工的基本需求安排，无法满足广大学生的出行需求。

对公共交通的依赖

建议学生出行首选公共交通方式，反映出校车服务在满足学生需求方面存在不足。

以上是根据提供的信息整理的河海大学校车存在的缺点。